《新世纪福音战士新剧场版：终》的剧情如下： 十六年后，整个巴黎已被核污染变成一片红色。葛城美里带领作战局意图取得8号机和2号机改造零件，以恢复巴黎原状，却遭到 Nerv 的航空特化型 Eva44A、阳电子炮装备陆地型 Eva4444C 以及电力供给特化型 Eva44B 的攻击。好在真希波·玛丽·伊兰崔亚斯赶到，将敌机战舰击碎，随着爆炸天空出现彩虹，巴黎恢复原本模样。 另一边，碇真嗣与惣流·明日香·兰格雷、绫波丽还在赤红的地球流浪。碇真嗣因曾经队员的牺牲，一直消沉。在明日香和绫波丽的开解下，他决定振作。之后，Wunder 主舰到达，碇真嗣回到作战局部队。 Nerv 发动最终冲击及人类补完计划，并与 Wille 合作，将总部的黑之月由箱根移动到第二次冲击所在地南极。Nerv 和 Wille 派出第13号机和2号机对 Wunder 发动袭击，Wunder 主舰失去控制时，葛城美里将指挥权交给碇真嗣。 碇真嗣的父亲、Nerv 的司令官碇源堂出现，真嗣与他通过老旧电车进行对话，了解到父亲的过去、内心和愿望。真嗣明白要结束这一切，只能开启灵魂之门。他用 Wunder 主舰的材料做出希望之剑，毁掉 Nerv 的13号机和2号机，灵魂之门也随之开启。 真嗣回到25年后，与明日香生活在一起。在这一过程中还发生了许多细节和战斗： - 凌波丽（黑）由于长期没有浸泡在 LCL 里，最终化为橙汁（LCL）。 - 明日香与绫波类似，是量产的复制品，且几乎只有她一个通过淘汰。明日香在作战中迫不得已解除左眼封印，重新化为第九使徒。但之后使徒明日香被十三号机吞噬，成为触发冲击的扳机。 - 真希波驾驶八号机觉醒并吞噬了多艘战舰的核心，带着真嗣突入负宇宙。进入负宇宙的真嗣在初号机驾驶舱里遇见前两部的丽。初号机再度觉醒并幻化出四肢，从十三号机手中抢来的枪回应真嗣希望变成卡西乌斯枪。两机战斗场景因处于真嗣的记忆幻境而显得荒谬，从第三新东京市街道打到美里家等各种地方。 - 碇源堂渴望与真嗣交流，在意识流环节的电车场景中，真嗣了解父亲对母亲唯的执着。门外的美里以 Wunder 的躯干和莉莉丝的黑之月化为的构造体，人为创造出新的长枪，帮助真嗣重塑世界。美里牺牲自己，将长枪送入门的另一边。 - 真嗣看到父亲的过去，说出补完父亲的关键台词。老碇自我反省并向真嗣道歉，唯终于出现，司令得以补完。之后真嗣救回明日香，让她回到有归宿的旧世界；也让长发丽回归原世界，认为她也有不驾驶 Eva 的幸福；还补完了渚薰，使其学会背负他人的思念。最后真嗣决定牺牲自己创造没有 Eva 和绝对领域的世界，但被唯阻止并送别。盖乌斯之枪刺穿几乎所有 Eva 并使其化作光，真希波履行约定救了真嗣，完成使命后八号机消失，真嗣与真希波去往未知的彼方。 在故事的尾声，成年外表的真嗣坐在宇部的某站台等电车，对面是在一起的丽和渚薰，真希波来到真嗣面前开玩笑并取下 DSS 项圈，两人一同跑出站台，奔向远方。 该动画电影主要讲述了失去生活动力的碇真嗣，为阻止 Nerv 发动的最终冲击及人类补完计划而挑起最终决战的故事。
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